Der Ort Hirschau, dessen älteste schriftliche Erwähnung aus der Zeit um 1200 stammt, gehörte kirchlich einst teils zur Pfarrei Sülchen (Sülchenkirche zwischen Wurmlingen und Rottenburg), teils zur Pfarrei auf dem Wurmlinger Berg. Das älteste Zeugnis eigenständigen kirchlichen Lebens am Ort ist der Bericht über ein Treffen des Landkapitels in Hirschau im Jahre 1348. Die Tatsache, dass das Treffen in Hirschau stattfand, setzt die Existenz einer Kapelle voraus. Wenig später, im Jahre 1359, beantragten Schultheiß und Gemeinde von Hirschau für diese dem HI. Ägidius geweihte Kapelle beim zuständigen Bischof Heinrich von Konstanz die Bestätigung einer Kaplanei bzw. Frühmessstiftung, wofür entsprechende Schenkungen getätigt worden seien. 1360 genehmigte der Bischof diese Stiftung und verfügte, dass das Kloster Kreuzlingen (bei Konstanz) diese Stelle mit einem entsprechenden Geistlichen zu besetzen habe. Aus einem weiteren Antrag aus dem Jahre 1435 wird ersichtlich, dass es in der Hirschauer Kapelle auch einen dem HI. Urban geweihten Altar gab.

Zur eigenständigen Pfarrei erhoben und damit von Wurmlingen bzw. Sülchen abgetrennt wurde Hirschau im Jahre 1461 durch entsprechende Urkunden des Konstanzer Generalvikars und der Gräfin Mechthild von Hohenberg. Mit der Erhebung zur Pfarrei verbunden war die Einrichtung einer eigenen Pfarrstelle und die Errichtung eines Friedhofs direkt um die Kirche herum. Ob es auch zu einem Neubau der Kirche kam, ist nicht bekannt. Jedenfalls wurde in der Folgezeit die Einrichtung verändert. In den Jahrhunderten danach gab es immer wieder Auseinandersetzungen um die Besetzung der Pfarrei. Die Pfarrstelle bzw. Kaplanei war offenbar nicht sehr üppig ausgestattet und deshalb wenig begehrt. Mitte des 17. Jahrhunderts wurden eine Zeit lang die Rottenburger Jesuiten mit der Versorgung der Pfarrei beauftragt. Ein häufiges Argument der Hirschauer für die Wiederbesetzung der Pfarrei war die Grenzposition des katholischen Hirschau vor dem lutherischen Tübingen.

Über die Baugeschichte der Kirche vor dem Neubau von 1851/52 ist nicht sehr viel bekannt. Aus dem Jahre 1786 existiert eine Zeichnung, die anlässlich einer notwendig gewordenen Sanierung erstellt wurde und große Risse im Gemäuer zeigt. Ob diese Kirche der Kapelle aus dem 14. Jahrhundert entspricht, ist nicht bekannt, aber wohl eher unwahrscheinlich. 

Weil die Kirche zu klein geworden sei, wurde 1849 der Antrag auf einen Neubau gestellt und auch recht schnell positiv beschieden. 1851 wurde mit dem Neubau begonnen. Am 5. Juli 1851 erfolgte die Grundsteinlegung. Zeitgleich wurde der neue Friedhof bei der Kapelle im Osten außerhalb des Orts (Richtung Tübingen) angelegt. Eine Inschrift über dem Portal der Kirche zeugt von deren Einweihungsjahr 1852. Die Kirche wurde im neugotischen Stil erbaut mit einer umlaufenden Empore und einer schlichten Holzbalkendecke. Vom vorhergehenden Kirchenbau blieb nur der mittelalterliche, schiefe Wehrturm aus dem 15. Jahrhundert mit heute 5 Glocken erhalten, der den Hirschauern in Kriegszeiten als Bergfried diente. 1780 bekam er den heutigen vierseitigen Helm.

Seither erfuhr die Kirche mehrere größere Renovierungsmaßnahmen. 1902 wurden die Seitenemporen entfernt und eine mit Schablonenmalerei verzierte Holzkassettendecke unter die alte Decke eingebracht. 1948 wurden die neugotischen Altäre entfernt und der Altarraum neu gestaltet. Um 1960 wurden die Kanzel entfernt, eine neue Decke eingezogen und die Empore umgestaltet. Die jüngste Renovierung erfolgte in den Jahren 2003 und 2004. Dabei wurden die mächtige Orgelempore verkleinert und der Altarraum neu gestaltet.

Beim Betreten der Kirche fällt der Blick sogleich auf die drei prächtigen Glasfenster im Chorraum, die vor allem in der Morgensonne herrlich leuchten. Sie gehören zu den besten Werken des Ulmer Künstlers Wilhelm Geyer (1900-1968) und wurden 1948 (mittleres Fenster) bzw. 1959/60 (äußere Fenster und Kreuzwegfenster im Kirchenschiff) eingebaut. Das mittlere Fenster zeigt eine Darstellung der Dreifaltigkeit, die Evangelistensymbole und die Erzengel, das linke Motive aus der Weihnachtsgeschichte, das rechte Motive aus dem Leben Mariens. In den kleinen Rauten unten sind Szenen aus dem Leben des Kirchenpatrons, des Hl. Ägidius, dargestellt. 

Zwischen den Fenstern bzw. an den Chorwänden sind fast lebensgroße Heiligenfiguren angebracht. Sie stellen - von links nach rechts gesehen - den HI. Benedikt (mit dem Buch, der benediktinischen Regel), die HI. Margarete (mit dem Drachen), den Kirchenpatron, den HI. Ägidius (mit Mönchsgewand und Pfeil), den HI. Petrus (mit dem Schlüssel), die HI. Barbara (mit Kelch und Schwert) und den HI. Bernhard dar. Benedikt und Bernhard stammen aus der 2. Hälfte des 17. Jahrhunderts, die anderen Figuren aus dem Ende des 15. Jahrhunderts.

Der Sakramentsaltar im Rückraum des Chores ist der 1948 von Weihbischof SedImeier geweihte ehemalige Hauptaltar der Kirche. Geschaffen aus grauem Dießener Tuff, trägt er die Inschrift: “Ich lebe und auch Ihr werdet leben” sowie die vier Evangelistensymbole (Engel, Löwe, Stier und Adler). Das Relief auf dem Tabernakel zeigt die zwölf Türme des himmlischen Jerusalem und in der Mitte der Stadt das Lamm (Apk 21). Über dem Chor erhebt sich ein Kreuzrippengewölbe mit zwei Schlusssteinen. Der neue Zelebrationsaltar von Joachim Maria Hoppe im Übergang zum Kirchenschiff stammt von der jüngsten Umgestaltung der Kirche 2004 und nimmt die Formensprache des Sakramentsaltars auf: Die Größe des Sockels entspricht der Größe der Evangelistentafeln, der freie Zwischenraum unter der Altarplatte der Stärke der alten Altarplatte. Auf kreuzförmig angeordneten Metallplatten ruht die ebenfalls in Metall gehaltene Altarplatte. Ambo, Osterleuchter und Opferkerzenständer (vor dem Marienaltar) nehmen im kleineren Maßstab diese Formensprache auf.

Der linke Seitenaltar ist als Marienaltar gestaltet mit einer Madonna mit Kind auf der Mondsichel vom Anfang des 16. Jahrhunderts. Die Seite rechts vom Chor ist geprägt durch eine Kreuzigungsgruppe mit Figuren aus der Mitte bzw. dem Ende des 15. Jahrhunderts (Kruzifix, Maria, Johannes). Vor der ersten Bankreihe steht der Taufstein. Auf seiner bronzenen Abdeckung finden sich Symbole der Dreifaltigkeit (Kreuz, Dreieck, Taube), Hirsche und andere Tierdarstellungen. Die beiden Seitenportale werden von je zwei Heiligenfiguren eingerahmt. Mit Ausnahme der Darstellung des HI. Wendelin (um 1500) stammen sie aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts (HI. Jakobus, HI. Josef mit Kind, HI. Sebastian). An der Rückwand unter der Orgelempore befinden sich auf der einen Seite eine Pietà (um 1500) und auf der anderen Seite ein Auferstehungschristus (Ende des 19. Jahrhunderts). In den kleinen Fenstern im rückwärtigen Teil der Kirche sind die Kreuzwegstationen dargestellt (Wilhelm Geyer, 1959). Neben diesen Fenstern steht (auf der Südseite) ein Vortragekreuz aus der Zeit um 1700. 

Die Orgel wurde von der Firma Späth aus Ennetach-Mengen 1961/62 erbaut. Sie hat zwei Manuale plus Pedal mit insgesamt 21 Registern in Hauptwerk und Rückpositiv. Zwischen den beiden Seitenteilen des Hauptwerks sieht man Fenster mit Engelsdarstellungen. Die Orgel wurde zuletzt 2024 durch die Firma Schmutz in Donnstetten generalüberholt, instandgesetzt und ausgereinigt. Die Disposition der Orgel ist wie folgt:

Der Heilige Ägidius ist einer der 14 Nothelfer. Von seinem Leben ist nicht viel bekannt. Anfang des 8. Jahrhunderts in Griechenland (oder aber in der Provence?) geboren, soll er nach einem Leben als Einsiedler das Kloster Saint Gilles in Südfrankreich gegründet und unter die benediktinische Regel gestellt haben (daher die Darstellung des Heiligen mit einem Buch). Die Legende, die zur Darstellung mit dem Pfeil führt und sicher auch sein Hirschauer Patronat begründet wird in verschiedenen Versionen erzählt. Hier eine Variante in Kurzfassung:

Ägidius lebte als Einsiedler in einer Höhle im Wald in der Gegend des Rhonedeltas. Zu seiner Ernährung diente neben den Früchten des Waldes eine Hirschkuh, die er sich gezähmt hatte und die ihm reichlich Milch gab. Eines Tages führte der Gotenkönig in der Gegend eine Jagd durch. Sie sahen die Hirschkuh, jagten sie, und einem der Jäger gelang es, sie mit einem Pfeil zu treffen. Verwundet floh die Hirschkuh in den Wald zur Höhle des Ägidius. Er entfernte den Pfeil und versorgte die Wunde seiner Ernährerin. Als schließlich auch der König mit seinem Gefolge zur Höhle kam, erschraken sie sehr über das, was sie angerichtet hatten, und baten Ägidius um Vergebung. Von dieser Stunde an war es natürlich um die Einsamkeit von Ägidius geschehen. Nicht nur der König, auch viele andere kamen zu ihm, um ihn um Rat und Hilfe zu bitten.