Entstanden ist die Jugendkirche auf Initiative Jugendlicher und Erwachsener, die seit 2011 an der Idee arbeiteten. Konkreter wurde es dann als 2013 die St. Petrus Gemeinde die geplante Renovierung ihrer Kirche mit der Einrichtung einer Jugendkirche verband. So konnte 2015 noch im alten Kirchenraum von St. Petrus der Start der Jugendkirche gefeiert werden und nach der Renovierung 2018 dann die Neueröffnung in einem wunderschönen Kirchenraum.
Träger der Jugendkirche ist das Dekanat Rottenburg, das in Kooperation mit der Katholischen Gesamtkirchengemeinde Tübingen und dem Bischöflichen Jugendamt die Jugendkirche betreibt. Daher ist die Jugendkirche auch zugleich Außenstelle des Katholischen Jugendreferats / BDKJ-Dekanatstelle Rottenburg und der Dekanatsjugendseelsorger Leiter der Jugendkirche Tübingen.